Во время войны положение заключенных ГУЛАГа ухудшилось. Нормы питания были значительно снижены, что сразу же привело к резкому увеличению смертности. Если в 1940 г. в лагерях ГУЛАГа умерло 46665 заключенных, то в 1942 г. — 248877, т.е. в 5,3 раза больше (см. табл. 3). За январь 1942 г. в Севураллаге умерло 1615 заключенных, из них 698 — от полиавитаминоза, 359 — от болезней органов кровообращения (паралич сердца на почве декомпенсированного миокардита и др.), 170 — от воспаления легких, 118 — от туберкулеза, 81 — от болезней органов пищеварения, 22 — от болезней органов дыхания, 13 — от пеллагры и 154 — от прочих заболеваний [там же]. Ухудшилось также физическое состояние оставшихся в живых заключенных (табл. 8).
Из общего числа заключенных, умерших в лагерях ГУЛАГа за 14 лет (с 1934 по 1947 г.), 516841 человек, или 53,6%, скончались в течение трех лет (1941–1943 гг.), а остальные 446 925 заключенных (46,4%) умерли в течение 11 лет (1934–1940 и 1944–1947 гг.). (см. табл. 3). К 1944 г. нормы питания заключенных ГУЛАГа были несколько увеличены: по хлебу — на 12%, крупе — 24%, мясу и рыбе — 40%, жирам — 28% и по овощам — на 22%. Но даже после этого они оставались по калорийности ниже довоенных норм питания примерно на 30% [там же]. Тем не менее в последние годы войны уровень смертности стал заметно понижаться. В 1944 г. в лагерях ГУЛАГа умерло 60948, в 1945 г. — 43848 заключенных (см. табл. 3). В докладной записке санотдела ГУЛАГа за 1945 г. отмечалось: «По возрастному признаку наибольший процент смертности падает на группу от 20 до 40 лет, т.е. на лиц, наиболее предрасположенных к туберкулезу легких, алиментарной дистрофии и пеллагре. По категорийному составу наибольшая смертность падает на 4-ю категорию — 67,4%, 3-я категория дает 28,9% смертности. Таким образом, почти вся смертность — 96,3% идет за счет 3 и 4 категорий физтруда» [там же].
Во время войны при снижении норм питания одновременно возросли нормы выработки. О значительном повышении уровня интенсификации труда заключенных говорит, в частности, тот факт, что в 1941 г. в ГУЛАГе выработка на один отработанный человеко-день составляла 9 руб. 50 коп., а в 1944 г. — 21 руб. [там же].
В первый период войны из районов, которым угрожала фашистская оккупация, было эвакуировано 27 лагерей и 210 колоний ГУЛАГа с общим числом заключенных 750 тыс. Эвакуированные заключенные поступали в и без того переполненные лагеря и колонии, расположенные в восточных районах страны, что приводило к страшной скученности. В 1942 г. средняя жилая площадь на одного заключенного составляла менее 1 м (к концу войны ее довели до 1,8 м) [там же].
Война привела к существенному изменению соотношения мужчин и женщин в составе заключенных ГУЛАГа (табл. 9, 10). К началу войны мужчины составляли 93%, женщины — 7%, а к июлю 1944 г. уже соответственно 74% и 26%. Во время войны среди заключенных ИТЛ возросло число подростков, не достигших 17-летнего возраста: в 1942 г. — 3112, в 1943 г. — 4147, в 1944 г. — 6988, в 1945 г. — 6433 человек (данные на 1 января каждого года). К 1 января 1946 г. число подростков в лагерях ГУЛАГа понизилось до 2035 человек [там же].
Во время войны в ГУЛАГе была отменена существовавшая ранее практика применения судами условно-досрочного освобождения заключенных на основе зачетов в срок отбытого наказания рабочих дней, в которые заключенные выполняли или перевыполняли установленные производственные нормы. Был установлен порядок полного отбытия срока наказания. И только по отношению к отдельным заключенным, отличникам производства, дававшим за длительный период пребывания в местах лишения свободы высокие производственные показатели, особое совещание при НКВД СССР иногда применяло условно-досрочное освобождение или снижение срока наказания [там же].
Во время войны в ГУЛАГе число осужденных за контрреволюционные и другие особо опасные преступления возросло более чем в 1,5 раза. С первого дня войны было прекращено освобождение осужденных за измену Родине, шпионаж, террор, диверсии; троцкистов и правых; за бандитизм и другие особо тяжкие государственные преступления. Общее число задержанных с освобождением до 1 декабря 1944 г. составляло около 26 тыс. человек. Кроме того, около 60 тыс. человек, у которых закончился срок заключения, были принудительно оставлены при лагерях по «вольному найму» [там же].
На 1 января 1941 г. отсутствовали сведения о половом составе 37147 лагерных заключенных ГУЛАГа, на 1 января 1942 г. — 59745, на 1 января 1943 г. — 30071, на 1 января 1944 г. — 16245, на 1 января 1945 г. — 12684, на 1 января 1946 г. — 159901, на 1 января 1947 г. — 14248, на 1 января 1948 г. — 11508.
На 1 января 1943 г. отсутствовали сведения о половом составе 30543 заключенных колоний ГУЛАГа, на 1 января 1944 г. — 61292, на 1 января 1945 г. — 94516, на 1 января 1946 г. — 486465.
В одном из докладов руководства ГУЛАГа (1944 г.) было записано: «Особое внимание уделяется вопросу строгой изоляции осужденных за контрреволюционные и другие особо опасные преступления. В этих целях НКВД СССР концентрирует наиболее опасных государственных преступников, осужденных за участие в правотроцкистских к/р организациях, измену Родине, шпионаж, диверсию, террор, и руководителей к/р организаций и антисоветских политпартий — в специальных тюрьмах, а также в исправительно-трудовых лагерях, расположенных на Крайнем Севере и Дальнем Востоке (район реки Колымы, Заполярье), где установлена усиленная охрана и режим, сочетаемые с тяжелыми физическими работами по добыче угля, нефти, железных руд и лесным разработкам» [там же]. Многочисленные просьбы политических заключенных направить их на фронт, за крайне редким исключением, не удовлетворялись.